El paisaje alrededor del humedal Córdoba se encuentra altamente transformado por los procesos de urbanización progresivos que modificaron el relieve, los suelos y la vegetación, de manera que se ha perdido la secuencia natural de horizontes maestros del suelo casi en su totalidad, a su vez se han alterado los drenajes y pendientes, cambiando el sistema depositacional a lo largo del Río Juan Amarillo.
El cambio en el uso del suelo en el humedal Córdoba ha promovido la sustitución de vegetación local por vegetación exótica, sin embargo esta vegetación sustituta ha generado una gran cobertura vegetal tanto arbórea como arbustiva y macrófitas.

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